Ничего не надо делать!
У меня так было пару раз , предполагаю что связано это именно с
портабл-версией блокнота.
В общем если пишет что файл открыт в другом приложении ,
нигде он больше не открыт , это сбой программы.
Просто перезагрузите ваш ноутбук или
компьютер и Notepad++ заработает как прежде.