НЕ совсем так. Апдейт Яндекса это всего лишь обновление всей собранной поисковыми ботами информации, от одного ап к другому. Поэтому и нет разницы, был ли сайт недоступен во время апдейта или за сутки до него.
Если же сайт был долго недоступоен ботам ПС, то он может весь или частично выпасть из выдачи, но не утрачивать некоторые позиции.
Так что причина скорее всего зарыта в другом месте.
