В таком случае, если хотите помощи, надо предоставлять все данные, те же настройки и конфигурацию Mysql-а,
конфигурационный файл my.cnf.
А так что гадать по кофейной гуще.
Ну вот я погадал по звездам и предполагаю, что вам не хватает ресурсов памяти.
Скорее всего не хватает оперативной памяти (RAM).
Как вариант попробуйте уменьшить значение буффера Inndob (innodb_buffer_pool_size) раза в два и посмотреть, что произойдет.
