нужно сохранять видео с перекодировкой, тогда вырезка будет точно по выделенным кадрам. Как вариант использовать функцию "Умный рендеринг" (Smart Rendering). Этот режим можно выбрать в меню Видео - поставить галочку.
Эта функция активна только если выбран Режим полной обработки (Full processing mod), а не Прямопотоковое копирование.
Принцип действия: разные части видео при сохранении обрабатываются по-разному, с кодировкой или без нее. Если возможно, программа выбирает для данного фрагмента прямопотоковое копирование (Direct stream copy), т.е. без перекодирования. В противном случае включается "Режим полной обработки" и используется кодек, заданный в настройках этого режима (он должен быть такой же, как у исходного видео). Фрагмент кодируется до следующего ключевого кадра, и опять включается прямопотоковое копирование.