Не надо пугаться. Скорее всего, установили неправильно код счётчика, либо что-то изменили в нем, так как если вводить адрес вручную, будет определять реферер как Закладка. Переходы с локалхоста (_http://localhost) или обрезанных адресов типа _http://site также будут считаться как обычные переходы.