Обе аббревиатуры относятся к стилям таблицы разделов жёстких дисков.
GPT расшифровывается как GUID Partition Table, или Globally Unique Identifier Partition Table (таблица разделов со статистически уникальным идентификатором),
а MBR расшифровывается как Master Boot Record (главная загрузочная запись). ОБе отвечают за структуру дискового пространства и загрузку операционной системы.
Главное отличие между ними в том, что GPT является частью интерфейса для управления оборудованием UEFI, а MBR относится к BIOS. GPT — более новый и улучшенный стандарт, так же как UEFI заменил BIOS (UEFI - новый интерфейс, имеющий ряд преимуществ перед БИОС).
Если проще: в современных компьютерах с UEFI используется GPT; в старых с BIOS — MBR.
Если компьютер и ОС способны принять GPT, то следует использовать его, если нет - MBR. GPT гораздо функциональнее: он практически не имеет ограничений по количеству разделов и их величине, в то время как МБР не распознаёт диски объёмом свыше 2 ТБ и не позволяет создавать более четырёх разделов.