Портабле-версию тогда надо юзать и не париться.
А так для переноса нужно скопировать %appdata%\notepad++ со старого
компа на новый. Если со всеми плагинами, то надо установить Notepad++ на новый компьютер, а затем либо переустановить плагины (Плагины» > «Администратор плагинов»), либо скопировать папку <install directory>\plugins со старого компа на новый.